一、起源不同
1、密宗起源
密宗的起源被浩瀚中外学者所探索，普遍认同其大约起源于佛陀入灭后的千年光阴，正值大乘佛教步入晚期之际。大乘佛教广泛吸纳了印度传统婆罗门教中的世俗崇奉，如禳灾、祈福与多神崇拜，将其融入佛教的体系之中，逐渐将真言、密咒与佛教教义相结合，形成了独具特色的密宗。在这一过程中，密宗不仅接管了佛教高层次的教义和理论，如中不雅观、瑜伽、禅定等，更将这些元素奥妙地领悟，从而形成了独特的修行方法和教义理念
2、禅宗起源
据传，禅宗起源与佛陀拈花微笑有关。在灵山法会上，佛祖释迦牟尼庄严地端坐于高台之上，大梵天王恭敬地献上一朵熠熠生辉的金色波罗蜜花。释迦牟尼佛接过那朵花之后，并未开示，一声不响，只是轻轻举起，示于座下弟子。当时聆听说法之众，却无人能解其意。唯有佛祖的十大弟子之一摩诃迦叶心领神会，向着佛祖露出会心一笑。释迦牟尼佛祖见状，朗声对众人说道：“吾有正法眼藏，涅槃妙心。实相无相，奇妙法门。不立笔墨，教外外传。今此无上大法，可叮嘱于摩诃迦叶了。” 这个传说是“禅”及“禅宗”的起源，迦叶成为西天禅宗第一祖，后来代代相传。
二、素心不同
1、密宗素心，与金刚波罗蜜相应。通过三密加持的修行办法以达“即身成佛”。
2、禅宗素心，与般若波罗蜜相应。强调自性清净，自净其性，即可成佛。禅宗的十六字玄旨为“不立笔墨，教外外传，直指民气，见性成佛”。
“不立笔墨”并不是理解成完备分开笔墨，而是说，成佛在根本上与笔墨措辞无关，不必离于笔墨，但又不拘束在笔墨措辞上。就算是那些机锋棒喝也是一种肢体措辞和表意、开悟的工具。
“教外外传”是由于禅宗师徒之间的相传不依言教，不借助笔墨、措辞的赞助，而因此心传心，禅宗的传法是经教之外的另一种传授，因此称为教外外传。
三、所依经典不同
1、密宗：紧张经典是《大日经》、《金刚顶经》、《苏悉地经》。《大日经》和《金刚顶经》并列为密宗两大根本经典,称“两部大经”。《大日经》为善无畏三藏所译,《金刚顶经》为不空三藏所译,均是在唐朝由印度传入我国的密宗主要经典。
2、禅宗：当下以慧能法师的南宗传承最广，门下弟子浩瀚，推崇慧能为六祖，以《楞伽经》《金刚经》《大乘起信论》为紧张教义根据，代表作为《六祖坛经》。
四、修持办法不同
1、密宗修行
密宗修行“三密加持”，通过三种修行办法开启一个普通人的聪慧，令他透视宇宙的无尽奥秘，看通宇宙的真面孔。
(1)身密。以静坐、结指模办法，让自己定下来，这不仅仅是对肉体的束缚，更是对内心“业”的止息。
(2)口密。口念真言，这些真言多源于古印度文，内容本无神秘可言。但修行者认为蕴含着无尽的力量。
(3)意密。心中专注一个形象，不被其他杂念所打扰，不使其消逝，让其持续存在，停滞其他的胡思乱想。
密宗所追求的“即身成佛”，正是通过这三密加持的修行办法得以实现。这种修行，可以开启聪慧，透视宇宙的真面孔，实现自我超越。
2、禅宗修行
禅宗修行的特色，被后人概括为“离言说相，不著笔墨，直指民气，见性成佛。”认为禅宗修行，超越言语的束缚，不依赖于笔墨，直指民气深处，明心见性而成佛。这一修行的形式特色，便是“禅宗三关”。
（1）初关，初关便是破本参，冲破修行者固有认知的关卡。犹如在身在漆黑的桶中，桶破处光明射入，有的民气慌意乱，被称为散乱，以是要到处参访，求止住散乱之法。
（2）重关，当修行者修证到心灵狂乱止息，禅定的心境不随分缘、尘境乱攀缘时，明白统统法分缘而生，缘灭法灭、自性空、无生灭的道理，这便是所谓的“见性”，标志着修行者到了重关。
（3）牢关，是真正磨练修行者对解脱的理解和能力，当他们能够彻底从境中自我解脱，才算是真正通过了牢关的磨练。
其余有一个说法是，过了三关只即是初住，其上还有九住、十行、十回向、十地等觉妙觉等四十多位次，才达到法身佛的极果。
五、结语
密宗与禅宗，并无高下之分，只是各清闲修行道路上选择了不同的侧重与路径。两者均承载着佛教的聪慧与慈悲，都是佛教的宝贵财富，我们应该尊重并欣赏它们之间的差异。
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