他受过章太炎的影响，又曾推崇康有为、崔适，而在“五四”期间不仅冲破今、古文经学的“家法”，还冲出经学，进军《新青年》倡导的文学革命与思想革命，与陈独秀、胡适、李大钊等成为新文化运动的报幕人，之后又在古史研究中成为中坚，其生平没有离开国学。
其父钱振常，为同治十年（１８７１）进士，同一科上榜的还有鲁迅的祖父周福清；伯父钱振伦则为道光十八年（１８３８）进士，后成为翁同龢的姐夫。
在北京当几年小官后，钱振常创造还不如还乡教书，由于在他门下曾出了蔡元培这样的学生。但他妻子去世得早，几番颠沛流离，十分落寞，于是南归后就娶一房侧室。不久，有了钱玄同。
钱玄同出生时（１８８７），父亲六十二岁。他能够活下来已属万幸，但他的身体常常生病的身体，且父亲对他管教十分严格。
但遗憾的是，父亲刚将他管教到十二岁，好不容易打下了治学的童子功，却撒手人寰。
幸运的是，长兄钱恂和长嫂单士厘接过了父亲的接力棒。钱恂是晚清能干的外交人才，他把数量弘大的西方知识先容到中国来，对金融学、政治学、地理学等当代学科都有很深成绩，他自己最得意的是祖传的音韵学。音韵学后来也成为钱玄同的紧张治学方向。
年长三十三岁的严兄，加上慈嫂，使钱玄同发展很快，因此他对兄嫂十分恭顺。
钱玄同办《新青年》时，恐怕兄长创造那本杂志，总是不肯示人，但还是被钱恂看到。
兄长却什么也没说，钱玄同悬着的一颗心才放下来。他痛恨农历和膜拜礼，但兄长在世时，他每年农历年底都要携妻前往兄长家膜拜先人。
钱玄同的婚姻是哥哥安排的，其夫人徐婠贞虽属名门闺秀，但钱玄同对她毫无恋爱之感。夫人也多病，与钱不同的是，她一病就很危险，苦了钱玄同十年如一日奉养。
１９２６年初，徐婠贞的病被确诊为子宫颈肿瘤，采取的是当时十分少见的放射疗法，用度也极其昂贵，每天要二十大洋。而且病情曾发展得十分严重，一度被奉告病危，这让钱玄同精神和经济上都遭受很大打击。
１９２７年，钱玄同进入不惑之龄，竟想在《语丝周刊》上发一期《钱玄同师长西席成仁专号》，还准备好挽联、挽诗、祭文等稿子，均为一些搞笑之物。
但是，正值张作霖进北京，为避免引起麻烦，该期专刊并没有印行，但其要目却流传开来。不知底细的人见了，信以为真，相互转告。一韶光，钱玄同的朋友、学生纷纭致函哀悼。
１９２８年９月１２日，正值钱玄同四十一岁生日，胡适针对其“４０岁就该枪毙”论，作一首《亡友钱玄同师长西席周年纪念歌》为钱玄同贺寿。歌云：“该死的钱玄同，怎么至今不去世！
生平专杀古人，去年轮着自己。可惜刀子烦懑，又嫌投水可耻，这样那样迟疑，过了９月１２日，可惜我不在场，未曾来监斩你。去年忽然来信，要作‘成仁纪念’，这个倒也不难，请先读《封神传》。回家先挖一坑，好好睡在里面，用草盖在身上，脚前点灯一盏，草上再撒把米，瞒得阎王鬼判，瞒得四方学者，哀悼成仁大典。今年９月１２日，到处念经拜忏，度你早早仙游，免在地狱捣乱。”钱玄同读后哭笑不得。
钱玄同与夫人徐婠贞育有六个子女，个中三个早夭。父辈的地位和资源明显惠及后代，钱家成年的三个儿子非出自北大，即出自清华，宗子秉雄和次子三强还曾分别留学日本和法国。而钱三强在今日国人当中的有名度已远超乃父。对付父亲的教诲和影响，儿子们在不同场合的回顾中，都曾提及父亲趋新开放的态度：让孩子们接管新式的学校教诲，自己选择学习的专业。１９３８年夏，北平古物陈设所所长钱桐病故。《楚报》发误为钱玄同，有不少人发唁电寄挽联。
１９３９年１月１７日傍晚，钱玄同突发脑溢血，抢救无效去世，终年５２岁。
１９４９年２月徐婠贞去世，儿子钱三强正准备在新中国大展技艺，而距钱玄同去世已十年了。
