长毛，是当时和后来江南百姓对太平天国军队的称呼（由于太平天国提倡留长发）。据从小在嘉兴平湖终年夜的岳泰回顾，直到他幼年（二十世纪五十年代初）期间，每当有小孩哇哇大哭时，大人为了要恐吓小孩制止哭泣，不是说“狼来了……”，而是说“长毛来了……”。太平天国战乱在平湖的普通百姓生理上留下非常胆怯的印象。据平湖县志记载：道光十八年（1838年）全县人口为304365人，可是仅仅过了二十多年，到同治三年（1864人）全县清查人口仅为50750人。
太平天国运动后，曾经繁华富庶的江南 “几于百里无人烟，个中大半公民去世亡，住宅焚毁，田亩无主，荒弃不耕”。 1851年，江苏人口约为4430万，经历战乱后十年规复，即到1874年，人口连2000万还不敷。范文澜在其《中国近代史》中说：扬州、苏州、南京在太平天国战役后，“二三十里无居民”,“竟日不逢一人”。
南京：太平天国历史博物馆
太平天国对江南的毁坏紧张是在1856年天京事变之后。太平天国运动初期，由于有拜上帝教这样的宗教约束，军纪也很严明，以是烧杀之事还有所克制，但也有全州屠城的恶例。天京事变后，太平天国朝纲紊乱，大量的流民、强盗以及捻军、清军的降军等等各路势力相继进入太平天国，此时太平天国正在走下坡路，为壮大实力，也就来者不拒。这些人打着太平军的旗号，烧杀劫掠无恶不作，这不仅进一步败坏了太平天国的名声，还使其纪律败坏，一些军队已与强盗无异。当时的一个外国传教士麦高文曾说：“其致令公民受灾劫最惨者，非官军及太平军，而为毫无牵制的强盗。强盗有临时铤而走险的,也有常年惯匪……每当一城失落守,各类毁坏、强奸、抢劫——所有加之于太平军的罪过，皆强盗所为……人称强盗为‘本地妖魔’。”
而在这场年夜难中，去世于清军之手的人口绝不少于太平军。
湘军打出“以理学治军”的旗号，咸丰八年（1858年），曾国藩创作了集中表示“仁”这一儒家核心代价不雅观的《爱民歌》，哀求士兵背诵传唱，做到“军士与民如一家，千记不可陵暴他”。但另一方面，又纵容其军队烧杀劫掠，还打出“民可爱而刁民不可爱，绅可敬而劣绅不可敬”的幌子，主见对太平军斩尽杀绝，纵然对叛变屈膝降服佩服者也不例外，以至于落下了“曾剃头”之称。
湘军为维系军心，“大索”成为其刺激士气的主要手段，晚年曾国藩退隐后，其同乡王湘绮曾问他为何纵容部下屠戮时，曾国藩平淡对之：“吾之兵士，非朝廷俸养，然为朝廷竭力，故唯有薄民生而厚朝廷也哉!”
正是这样一支标榜仁义道德的军队，一手制造了太平天国战役期间罕见的三次屠城暴行。
1858年四月，湘军悍将李续宾经由一年多韶光的苦战，占领重镇九江，为湘军降服太平军奠定了决定性的根本。李加封巡抚衔，赐黄马褂，成为封疆大吏。然而在破城之后，他不仅敕令杀了太平军守将林启容以及1.7万名守军，还大规模屠戮平民，开了湘军屠城的先例。九江城内一时积尸成阜，流血成渠。
安庆在太平天国的地位紧次于都城天京。由于安庆是天京上游的主要门户，安庆的得失落，对太平天国后期战役的全局关系极大。安庆保卫战是太平军战史上最惨烈的一次战役，太平军先后投入数十万兵力，终极归于失落败。1861年，曾国藩攻陷安庆后，敕令士兵“大索三日”，屠杀淫掠，全体安庆险些变成了一座空城。“大索”字面上是搜索“残敌”，实际则是纵容士兵在当地公开抢劫淫乱。曾国藩的亲信李榕称：“通计前后杀毙援贼、城外垒贼、降贼及城中之贼实有四万余人，军兴以来，杀劫此为最重。”
1864年7月，曾国荃部攻陷天京，顿时“十年壮丽天王府，化作荒庄野鸽飞”，繁华的古都南京顿成瓦砾。同时，湘军也再次大开杀戒，“沿街去世尸十九皆老者，其幼孩未满二三岁者亦斫戮以为戏”。曾国藩上报说：曾国荃率所部在南京城内“分段搜杀，三日之间毙贼共十余万人。秦淮长河，尸体如麻”。这实际上是三天就屠杀了十余万南京居民。
清人记载：“金陵之役，伏尸百万，秦淮尽赤；号哭之声，震撼四野。”所谓伏尸百万，除了战去世者，还有大量的平民。湘军亦以“大索”为名，从上到下，每一个人置备一个大竹筐，抢到钱财就往竹筐里装。同时亦大肆在城内外进行野蛮的屠杀。
曾国藩的幕僚赵烈文在《能静居士日记》中记载破城后七天时他所目睹的环境：“ 其老弱本地公民，不能挑担，又无窖可挖者，尽遭杀去世，沿街去世尸十之九皆老者。 其幼孩未满二三岁者亦斫戮以为戏，匍匐道上。妇女四十岁以下者一人俱无，老者无不负伤，或十余刀，数十刀，哀号之声，达于四远，其乱如此，可为发指。”
太平天国壮大时，南京最多有100万人，可屠城之后10多年，到光绪登基时，南京只剩不到50万人。
