唐高宗年间，弘忍大师开坛讲学，当时他的部下有五百余名弟子，最有慧根确当属大弟子神秀。神秀，俗姓李，陈留尉氏（今河南尉氏县）人。少年时为儒生，游学于嵩山地区，博览经史。唐高祖武德八年（公元625年），神秀在洛阳天宫寺出家。五十岁那年，他翻山越岭，不远千里，投于弘忍门下，从事打柴、取水等劳役以求法。六年来，他夜以继日在弘忍身边伺候，深为弘忍看重，遂擢升其为上首弟子。在当时，神秀被大家公认为禅宗的衣钵继续人。
弘忍感到自己逐渐老去，便想在弟子中探求一个继续人。这天，他调集众僧，哀求每人作一偈（梵语“颂”，即佛经中的唱词），以便理解年夜家的道行深浅。首座弟子神秀悟道颇深，当即在寺院的廊壁上题了一首偈诗：“身是菩提树，心如明镜台。时时勤拂拭，勿使惹尘埃。”
偈诗中所说的“菩提树”，即古印度的毕婆罗树，它是一种普通得犹如杨、柳、桐、槐那样的树。当年，年轻的悉达多王子在结束了六年的苦行之后，就坐在一棵毕婆罗树下悟道成佛，被后世尊为释迦牟尼。人们为了感念佛祖证悟人生真理的不朽功德，把他悟道时给予他遮护的毕婆罗树称为菩提树，也便是觉悟之树。偈诗中融入了现实主义“人性大伦”的儒家思想，弘忍大师见到后大为讴歌，让众僧都来诵念此偈。
惠能，是唐朝贞不雅观十二年仲春初八日子时出身。传说他降生的时候，有一道亮光腾空而起，同时更有奇异喷鼻香气，遍满房室。到了天亮的时候，溘然有二个和尚来对他的父亲说：‘你们家里昨天晚上有没有生一个小孩？我们本日特地来为他取一个名字，叫做惠能。’卢父听了感到奇怪，我家昨晚是生了一个儿子，这二个和尚怎么会知道，他们为什么要给他取惠能这个名字，这究竟是什么道理呢？就问道：和尚，你给我儿取名叫惠能，这是什么意思。答曰：‘惠者以法惠施与统统众生，能者将来终年夜能作佛事’。这二个和尚讲完后走了，无影无踪，也不知道到哪儿去了。惠能生来就不吃母奶，大家都很著急，到了晚上居然有一个人来，为他灌了甘露，使惠能身体非常康健，精神饱满、兴旺。惠能终年夜后以卖柴坚持生活。《曹溪大师外传》说他三岁父母就都去世了。
据《坛经》系所说，惠能某天听人诵《金刚经》而有所领悟。被奉告黄梅凭墓山弘忍大师讲《金刚经》，于是决定去参礼。《坛经》敦煌本只简单说“辞亲”；后来惠昕本和《祖堂集》说，有客人鼓励他并出钱安顿老母。依《外传》，惠能参礼弘忍，与《金刚经》无关。《外传》说惠能先去曹溪，拜把兄弟刘志略的姑母“无尽藏”尼常诵《大涅槃经》，惠能不识字，郄能为他讲授经义。在宝林寺住了一段韶光，到乐昌依智远禅师坐禅，又受慧纪禅师的引发，才决定去黄梅参礼弘忍。
大约经一个月韶光，惠能到了黄梅。这里是唐初五十多年的禅学中央，传承了达摩禅的正统。惠能见到弘忍，自称“唯求法作佛”。因惠能答说：“人即有南北，佛性即无南北。獦獠身与和尚成分歧，佛性有何差别”，而受到弘忍的赏识。惠能被派在碓房里踏碓，一共八个多月。“愿竭其力，即安于井臼；素刳其心，获悟于稊稗”。 劳作与修持相结合，虽是佛教所固有（如周梨盘陀迦因扫地而悟入），但成为此后曹溪禅的特色。
一天，慧能听到有人诵读神秀作的偈语，就感叹道：“听起来确实很妙啊！
才与我的想法不一样呢。”到了夜间，慧能央求一名会写字的僧人在神秀的偈语阁下另题了一首自己作的偈诗：“菩提本非树，明镜亦非台。本来无一物，何处惹尘埃。”
慧能的偈子融入了中国道家的空无和清净无为思想，表达的是一种出世的态度，它的紧张意思是，世上本来便是空的，看世间万物无不是一个“空”字，心本来便是空的话，就无所谓抗拒表面的诱惑，任何事物从心而过，不留痕迹。这是禅宗的一种很高的境界，领略到这层境界的人，便是所谓的开悟了。
弘忍大师看到这个偈子后，问身边的人是谁写的，当他听说是慧能后，就命人将他叫来，并当众批评慧能：“你写的乱七八糟，切实其实是胡言乱语！
”说完，又亲自擦掉了这首偈诗，然后在慧能的头上打了三下，转身就走了。众僧之中，唯有慧能真正理解了五祖的意思。
这天夜晚，三更时分，慧能来到弘忍的禅房。在那里，弘忍向他讲解了佛教最主要的经典之一《金刚经》，并将衣钵传给了他。
慧能得法后，悄悄回到南方，隐居了十五年，才前往曹溪宝林寺。随后，他又在韶州大梵寺说摩诃般若波罗蜜法，并传授无相戒。嗣秘诀生有行思、怀让、神会、玄觉、慧忠、法海等四十余人。后来，法海搜集慧能的言行为《六祖坛经》，这便是南宗。神秀在弘忍圆寂后，前往荆州当阳山玉泉寺，二十余年中门人云集，这便是北宗。经由神会的弘扬，南宗遂成为禅宗正统，从此独尊天下。
但当时也有人认为，慧能不识字，是一个厨房打杂的，“抢”走了佛陀的衣钵，禅宗很难发展下去。神秀禅师才是五祖弘忍真正的首座弟子，他不仅精通儒道大义，而且饱学老庄玄学，尽得五祖真传。当年弘忍禅师曾叹道：“东山之法，尽在秀矣。”命之洗足，引之并坐。既有崇拜他的师兄弟，也有自己徒弟，就连《楞伽师资记》也把神秀认为七祖。五祖弘忍圆寂后，门下“堪称人师”的禅师将禅法传遍大江南北，而神秀一支最大，范围最广，且在京师腹地，影响极大，四海僧俗闻风而至，荣誉甚高。
在久视元年（公元700年），武则天迎神秀禅师入京，亲加膜拜之礼。唐中宗登基，更加礼重。中书令张说也向他问法，执弟子礼。唐中宗、唐睿宗二朝弘法，被尊为 “两京（长安、洛阳）法主，三帝（武则天、唐中宗、唐睿宗）国师”。神龙二年（公元706年）在洛阳天宫寺圆寂，唐中宗赐“大通禅师”谥号，并根据神秀遗嘱，下诏归葬当阳度门寺，并赐钱为其建砖石塔（俗称国师塔）。左丞相燕国公张说为其撰写碑文，极具哀荣。而那时六祖惠能还未曾有名。
神秀禅师灭寂后，嵩山普寂禅师（651—739年）、西京义福禅师（658—736年）两大弟子在帝王的增援之下，连续阐扬四祖道信的念佛禅的宗风，盛极一时，有“两京之间，皆宗神秀”，“北宗门下，势力连天”之感概。普寂的弟子道璇还把神秀的北宗禅法传到了日本。
后来在禅宗的弘扬和发展中，尊神秀为禅宗“北宗”创始人，与师弟慧能（南宗禅创始人）并称“南能北秀”。
针言“六根清净”：原指佛教徒修行时，打消物欲，保持心地清洁。 现泛指丝毫不受坏习气，坏风气的影响。也用来形容非常清洁、干净。
