更主要的是，拜上帝教开始形成严密的军事组织。冯云山充分发挥了自己出色的组织能力，他将教会成员按照《周礼》中的建制办法体例起来，大家号令统一，行动迅速。经由这次组织，太平军军队统计为13155人。这次组织来得非常的及时，也便是这一年的12月开始，清军开始多次进攻拜上帝会，所幸这些进攻均被拜上帝会大胆击退。
金田叛逆
在清军的包围下，太平军内部也发生了一些分裂。之前加入拜上帝教的天地会成员认为教规太过于严格，于是开始投归清军。洪秀全就简化了教规为五条，分别是遵条命、别男行女行、秋毫莫犯、各遵头目约束、不得临阵退缩。洪秀全将斗争的目标确立的清朝，于是宣告所有成员蓄发更衣，头裹红巾。
1851年8月，洪秀全做出了一个困难的决定，放弃金田村落，突围北上。当时许多太平军留念故土，但是斗争场合排场已经刻不容缓，于是洪秀全让所有人烧掉自己的房屋，表现自己的决心。太平军分兵水陆二路，向东北的永安城挺进，清军拦截不成。9月24日，太平军到达永安城下。
9月25日，太平军攻占了永安城，这是太平军攻占的第一个县城。永安城并不能永久安定，但是许多太平军已经有了懈怠之意。洪秀全进城后立马发布诏令，严明纪律，不准烧杀劫掠，以争取民心。太平军还力争掩护永安城的物价，不过对亡命的乡绅，就将其财产没收归入“圣库”，并拿出一部分分给贫苦百姓。同时，洪秀全还在此大量印发天国小册子以宣扬革命动机。
1851年12月4日，洪秀全开始在永安培植政权，将太平军的五位将领封王，杨秀清为东王，萧朝贵为西王，冯云山为南王、韦昌辉为北王、石达开为翼王。个中东王权力最高。洪秀全表示自己武断不称帝，于是为“天王”。
在永安期间，太平军对其内部进行了大规模整顿，清楚了内部的奸细，这一点对永安突围非常主要。太平军攻占永安后，朝廷大为年夜怒，于是调遣4.6万重兵来围困。太平军不敢懈怠，在永安城支配了两道防线。永安城遭到了封锁，困难重重，乃至粮草也被清军烧掉。太平军用水煮的办法来过滤盐分，在旧砖瓦中提炼硝石，用狗血来提炼硫磺。永安城并非永安之地，必须突围。
二，蓑衣渡之败，惨重打击
1852年初，洪秀全等开始准备突围永安。4月3日，突围的命令正式下达，太平军开始井井有条地从清军防线最薄弱的东南角突围，出城后沿着小路迅速撤离。由于太平军行动迅速，清军毫无准备，等太平军撤退后才开始追击。太平军在撤退的时候，在沿途支配了炸药陷阱，清军被吓得四处兔脱。但是，太平军有2000部队为了断后，终极被清军全歼。太平军听到此，全军震撼，于是调转方向，向清军杀来，杀5000清军才撤退。
太平军突围后，检点军队，大约有4万人。但是军队物资匮乏，又面临围追堵截，多条道路被封锁，到底去哪里是一个问题。当时太平军有水军和陆军，水军可以运输物资。为了发挥自己的上风，洪秀全当机立断，决定沿着桂江北上，进攻广西的省会桂林。
桂林是一座坚城，太平军只有4万兵力，无法围城，只能选择进攻一角，战斗漫长而没有成果。在进攻桂林的过程中，太平军拦截了漓江上大量的船只，大船就多达40多只。这给太平军的物资运输供应了保障。到5月中旬，太平军依然未能攻破桂林。此时，洪秀全再次做出决定，那便是放弃桂林，连续沿着漓江北上，通过灵渠进入湘江流域。
此后，太平军就形成了一个传统——碰着坚城就绕过，不做毫无意义的花费。但是沿着河流北上，终极的目标在哪里呢？洪秀全一贯没有给大家公布终极的目标，但是自己心里是有的，那便是南京。南京是明朝初期的都城，洪秀全将自己视为朱元璋一样的人物，自然也是想以南京作为根据地。
但是从桂林到南京如此迢遥，路途中又到处是重兵把守，难度可想而知。5月23日，太平军北上，轻而易举地拿下了兴安城。随后，大军向全州挺进。太平军无心攻取全州，而是从江面经由，不过全州城上的一名官兵溘然对太平军开火，将冯云山打成重伤。太平军听闻此，溘然结束不前。冯云山是拜上帝会的创立者，他在军队中的威望仅次于洪秀全。于是，大军同仇敌忾，对全州发动了进攻，全州知州向周围县城写去了血书求救，然而周边县城不敢来营救。很快，全州失守，太平军在此进行了屠杀。这解释太平军虽然重义气，但已经开始背离洪秀全自己创立的教规。
6月5日，太平军连续沿着湘江北上，目的是长沙。经由全州之战，太平天国的船只增加到了300多只，但是太平军的麻痹大意又使得自己遭遇了打击，洪秀全碰着了自己第一个强劲的仇敌——江忠源。他在湘南一带组织了团练，卖力掩护地方治安。太平军兴起后，朝廷让他加入对付洪秀全的军队。听说洪秀全要北上，他就在全州以北的蓑衣渡设置了埋伏，等着太平军落入圈套。果真，太平军中计了，丢失了300多艘船只，去世亡1万多人，许多都是拜上帝会的忠实信徒。冯云山也在此战中阵亡。
二，从长沙到南京，直取目标不得已，洪秀全只能放弃北上，转而攻击防守薄弱的道州。进入道州后，洪秀整年夜肆宣扬满汉对立，以此煽惑人们加入太平军。经由大规模的扩招，太平军增加了5万新兵，算是填补了丢失的战斗力。此后，太平军就在湘南各县流动作战，并且补充物资。
1852年8月，洪秀全再次向长沙挺进。萧朝贵为前锋，带领先锋不敌杀到了长沙城下，用炸药火炮猛攻长沙城长达6天之多，但是依然无法攻陷。9月17日，萧朝贵带领部队冲锋，结果被守城的枪手一枪击毙。传出，太平军再次震撼，洪秀全立即带领大军赶到长沙。这次，长沙的守军已经从几千人增加到了5万人，还增加了大量的火炮。
防御长沙的为湖南巡抚骆秉章，是广东花县人，也便是洪秀全的老乡。和洪秀全不同的是，骆秉章科举考试一起顺风，于1832年中进士，进入了翰林院。洪秀全流落他乡之时，骆秉章正青云直上，成为了湖南巡抚。这时候，洪秀全为了给萧朝贵报仇，就下定决心要攻破这座坚城，骆秉章也成为了去世敌。
在长沙城外，太平军的组织能力得到验证，他们可以迅速地培植浮桥，在渡过护城河，下城下安营扎寨。石达开则卖力阻击外围的接济部队。太平军中有大量的工匠，他们卖力制造炸药，挖掘隧道。长沙守军则将木桶埋下地下，然而让听觉敏感的人来听。太平军为了掩护隧道开挖，则敲打锣鼓。然而，双方都应对从容，陷入了僵持。于是，洪秀全决定放弃报仇，绕过长沙连续北上。
这是一个精确的选择，去世攻长沙必定会灭亡于此。这次北上，太平军吸取了蓑衣渡之战的教训，重新组织了水军的旗子暗记传输系统，并且叮嘱消磨小分队探路。随后，大军依然没有攻击沿途的城市，一贯沿着水路到达了武昌。洪秀全没有进攻坚城武昌，而是绕过武昌进攻长江北岸的汉口和汉阳，随后再搭建浮桥进攻武昌。由于湖北巡抚烧毁民居来抵御太平军，使得清军不得民心，武昌城很快就被攻陷。
武汉三镇沦陷，使得太平军得到大量的物资补给，部队也迅速扩大了，船只扩展了2000多艘。1853年2月10日，太平军溘然放弃了武汉，连续沿着长江东下，目标只有一个——南京。从武汉到南京还有很长的间隔，沿途也有许多城市和要塞，但是太平军绝不在意，而沿途的清军也丝毫不敢进攻太平军。于是，大军就这样大摇大摆地在长江上航行，并且还四处散发小册子，承诺建国后要开科举。
一个月后，太平军到达了南京城外。南京城虽然是一座龙盘虎踞的大城市，但是防守上有致命的地方，那便是西北角的山头可以俯瞰南京城。于是，太平军将火炮搬上山头，对准南京城内剧烈攻击。3月9日，南京城被攻破，太平军杀入了南京城，清军被杀光。3月29日，洪秀全在南京登基，太平天国的“盛世”彷佛就要到来了。
从金田叛逆到攻占南京，太平军转战万里，仅仅用了2年，这在历史上也算是战役奇迹了。在这个过程中，太平军遭遇了几次挫折，但是都能够吸取教训，做出精确的决定。同时，在进军时候纪律较为严明，给沿途的百姓留下了深刻的印象。这都给后来太平天国的壮盛打下了根本。
