孔传在元祐八年（1093），从主簿的职位上升县尉。政和五年（1115），以朝奉郎任京东路转运司管勾笔墨。徽宗宣和初年（1119—1123），进秩朝散大夫，出知陕西邠州（今陕西彬县）。当时的邠州，是北宋先后与辽、金争夺西北掌握权的计策要地。孔传在邠州任上，“锄强抉贪，吏民畏服”，取得了被人称道的政绩。归后，即与孔端友一起赴扬州陪祀。未几，就以族长的身份和孔端友扈跸南渡，被高宗赐居衢州。他出知峡州，“以功进秩右朝议大夫”，回到衢州。在收拾完孔端友的丧事之后，绍兴三年（1133），孔传出知抚州（今江西抚州）军州事、兼管内劝农使。
抚州，古为临川郡。“远色入江湖，烟波古临川”，“名儒巨公，彬彬辈出”，是一个十分有名的地方。它东连吴越，西接潇湘，南控闽粤，北襟江湖，横跨吴越楚三地，为南北东西交通之要冲。孔传到任之后，自是兢兢业业。他整肃学校，整顿吏治，察看县乡，力劝农桑。空隙时日，则调集儒士学子，谈诗论文。可以说，日子过得非常充足。
然而，不快意的事情究竟是要发生的。抚州的过境之河名抚河，抚河的上游是建昌军（治在今江西南城）。建昌军与孔传为官的抚州相邻。绍兴四年（1134）七月，建昌军叛乱，“杀知军州事、左朝请郎刘滂”。宋李心传《建炎以来系年要录》绍兴四年七月庚戌条曰：“右朝议大夫孔传闻变，用枢密院计议官李荛旗榜招之，且乞兵于江西制置使胡世将以讨贼。”《孔氏族谱·卷之一》云：“建昌军卒叛变，屡招降，不受，必欲见（孔）传为信。（孔）传单车往谕，叛兵以平。”可见，孔传是一方面借兵讨伐，一方面亲往叛军营中招降。叛军相信孔传，结果是未战而降。孔传也因平叛有功，政绩卓著，而被擢为提举江南西路常平盐茶公事之职。
孔传因年事已高，曾多次哀求致仕。绍兴四年（1134）玄月，南宋朝廷终于赞许了孔传的要求。孔传就以“中散大夫、借紫封仙源县开国男，食邑三百户”（孔氏族谱）致仕。不久，就回到了衢州。
在抚州任上，孔传利用空隙时日编定了多年来撰写的两本书。一本名为《雇主杂记》，一本为《六帖新书》。
赵鼎被罢去相位，贬往泉州，途经衢州，自然要盘桓几日。
赵鼎在孔子第四十九世嫡长孙、衍圣公孔玠的陪同下，先到府学大成殿拜会了孔子灵位，又到孔端友灵堂致哀。这时的孔玠，年已十五，刚好在叔祖孔传的辅导下主持敬拜礼仪和家族事务。之后，他们一起去探望偶染小恙而卧床的孔传。
赵鼎向孔传先容了不少朝廷政务，先容了秦桧其人。又说到孔传的好友曾开、魏矼，以及晏敦复等人和秦桧的斗争。当然，也说了自己如何坚持抗金，高宗如何熟视无睹，秦桧如何打击伤害。赵鼎还从囊中取出枢密院编修胡铨请斩秦桧、王伦、孙近等奸人的上疏，交给孔传。
绍兴九年（1139），满含对祖庭的怀念，满含对回归的期待，满含对圣祖的虔诚，也满含着对高宗天子的失落望，在衢州的客居之室，孔传以七十五岁的高龄，永久地闭上了双眼。斯人已逝，满城皆泪。孔传暂厝于他最仰慕的衢州先贤清献公赵抃的故居、城北孝弟里之东隅。孔传的子孙和孔玠则按制守墓于彼。
孔传原配夫人崔氏在孔传南渡前就已去世，葬曲阜孔林。南渡之后，先后续娶刘氏、陈氏，俱封为令人，去世后与孔传合葬。
孔传生子六人：端问、端守、端己、端位、端植、端隐。端守早卒。其他五子皆侍父扈跸南渡。
